典型的忍者的暗号有使用米、石、绳的暗号。
据说，将米染成5种颜色（蓝、黄、红、黑、紫），通过将各种颜色进行组合与配置，可制成100多种暗号。用染料染成的米不必担心会被虫及鸟吃掉。
石头也是一样，通过约定的配置置于路旁，用于作为与伙伴的联络手段。
绳子称为“结绳”，根据绳子的结法及绳结的数量，向同伴传达所在位置及去向。
如果要传达更为复杂的内容，会使用“忍伊吕波”及“神代文字”这种只有忍者明白的文字来写信。
忍伊吕波：通过某种规则将14个汉字（木、火、土、金、水、人、身、色、蓝、黄、红、白、黑、紫）组合制成的48个文字
神代文字：是一种在汉字出现以前曾在日本使用过的，在汉字推广后谁都读不懂的古代文字
还有用桔子榨成的汁在纸上写出文字，晾干后文字消失，变成白纸，但如果罩在炭火上就会浮现出来的“隐形字”的方法。 
