Se dice que los ninjas tenían un profundo conocimiento sobre plantas medicinales. Ellos mismos las cultivaban para fabricar medicinas con las que tratar heridas y enfermedades y para hacer venenos y somníferos para sus actividades de espionaje. En una época donde no estaba extendida la tecnología para fabricar medicamentos, los comerciantes recorrían el país a pie vendiendo sus medicinas. Para evitar levantar sospechas entre los habitantes locales, los ninjas se hacían pasar por vendedores de medicinas y realizaban sus misiones de espionaje al mismo tiempo que se ganaban la vida vendiendo remedios. En algunos museos de ninjas se exhiben escritos transmitidos en los clanes durante generaciones en los que aparecen registradas las fórmulas y el uso de sus medicinas. Como legado de aquellos días, Iga, el “pueblo ninja” por excelencia, es la sede de numerosas empresas farmacéuticas, por lo que también se conoce como el “pueblo de las medicinas”.
