Entre los códigos más representativos de los ninjas figuraban los de arroz, piedras y cuerdas. Los granos de arroz se teñían de cinco colores (azul, amarillo, rojo, negro y morado). La combinación de esos colores podía generar más de cien códigos diferentes y al estar teñido no había que preocuparse por que los pájaros o los insectos se comieran el arroz. Del mismo modo, las piedras podían colocarse en una posición determinada en los bordes de los caminos y servir como un sistema de comunicación para los compañeros. La yuinawa (cuerda anudada) servía para indicar el destino o paradero de un compañero dependiendo de la forma y número de los nudos. Para transmitir información más compleja, los ninjas usaban sistemas de escritura como el Shinobi iroha o el Jindai moji que solo ellos podían entender. Shinobi iroha: Estaba formado por 48 caracteres formados por una combinación de 14 kanji (木, 火, 土, 金, 水, 人, 身, 色, 青, 黄, 赤, 白, 黒, 紫) que solo podía descifrarse siguiendo unas reglas. Jindai moji: Se trata de un antiguo sistema de escritura japonés que dejó de usarse con la introducción de los kanji (ideogramas chinos). También se emplearon otros métodos como escribir mensajes con zumo de mandarina en papel blanco. Al secarse, el texto se volvía invisible. Para hacer que apareciera de nuevo, había que calentarlo sobre fuego de carbón.
