On raconte que les ninjas possédaient des connaissances approfondies sur les plantes médicinales. Ils cultivaient un jardin leur servant à concocter différents articles qu'ils conservaient sur eux, tels que des remèdes pour traiter les blessures ou les maladies, ou des poisons et somnifères qu'ils utilisaient pour leurs activités d'espionnage. À une époque où les techniques de fabrication des médicaments n'étaient pas encore répandues, des colporteurs traversaient le Japon à pied pour vendre leurs remèdes. Déguisés en colporteurs de médicaments, les ninjas pouvaient circuler de région en région sans éveiller les soupçons, menant leurs activités d'espionnage tout en gagnant de l'argent grâce à la vente de leurs remèdes. Dans certains musées dédiés aux ninjas on trouve des livres qui étaient transmis au sein des clans, détaillant les méthodes de fabrication et d'utilisation des médicaments. Témoin de cet héritage, Koga accueille aujourd'hui de nombreuses entreprises pharmaceutiques, au point que cette célèbre « ville des ninjas » soit également surnommée « ville des remèdes. »