Iga est située dans le département de Mie, et Koga dans celui de Shiga. Les deux régions sont adjacentes et séparées par une unique montagne. La zone entière étant elle-même proche de Kyoto, elle permettait d'avoir une bonne vision des affaires du monde. Le shugendou (forme d'ascétisme pratiqué en montagne, intégrant des concepts venus du bouddhisme et du shinto primitif) étant alors très dynamique dans ces deux contrées, certains prétendent que l'apparition des villages ninja serait une conséquence de la forte concentration de ses adeptes, qui avaient acquis des techniques spéciales. Il semble également que la plupart des écoles de ninjas dont on rapporte l'existence à travers le Japon auraient trouvé leurs origines soit à Iga, soit à Koga. Pour les ninjas d'Iga, rien au monde ne prévalait sur un engagement scellé par de l'argent. Même si le groupe était mandaté simultanément par deux rivaux, il dépêchait des hommes dans chaque camp, pourvu qu'il en reçût le paiement. De ce fait, les châtiments infligés aux ninjas déserteurs (nukenin) y étaient plus sévères que dans les autres villages, la trahison et la fuite étant particulièrement réprouvées. À l'inverse, les ninjas de Koga accordaient toute leur fidélité à un seul et unique maître. Ils étaient par ailleurs experts en préparations médicinales, et ils collectaient des renseignements en voyageant à travers tout le pays, déguisés en colporteurs de médicaments. Aujourd'hui encore, la présence de nombreuses entreprises pharmaceutiques dans le département de Shiga témoigne de cet héritage.