Parmi les codes utilisés par les ninjas, certains utilisaient du riz, des pierres ou de la corde. On rapporte que le riz était teint en cinq couleurs (bleu, jaune, rouge, noir et violet), dont les combinaisons et la disposition permettaient de produire plus de cent signes secrets différents. Ce riz coloré n'avait aucun risque d'être mangé par les insectes ou les oiseaux. De même, les pierres étaient utilisées pour communiquer entre ninjas d'un même clan, disposées sur le bord des chemins selon des arrangements pré-établis. La forme et le nombre de nœuds sur une corde (yuinawa) indiquaient où le ninja qui l'avait placée se trouvait, ou la direction qu'il avait prise. Lorsqu'ils voulaient transmettre des informations plus complexes, les ninjas écrivaient des lettres à l'aide de caractères connus d'eux seuls, comme ceux du shinobi iroha ou les jindaimoji. Shinobi iroha : un ensemble de 48 caractères élaborés en combinant 14 kanjis (木・火・土・金・水・人・身・色・青・黄・赤・白・黒・紫), et dont la lecture obéissait à des règles secrètes. Jindaimoji : des caractères archaïques utilisés jadis avant l'introduction des kanjis au Japon, et dont le sens a été entièrement perdu après celle-ci. On recourait également à la technique dite aburidashi (écriture à l'encre sympahtique), qui consistait à utiliser du jus de mandarine en guise d'encre. En séchant, le message devenait invisible et ne pouvait être révélé qu'en plaçant le papier près d'un feu de charbon.