이가는 미에현, 코가는 시가현에 있는데 두 지역은 산 하나를 사이에 두고 인접해 있다. 그 주변은 교토에서도 가깝고 세상의 정세를 파악하기 쉬웠다. 또한 둘 다 수험도(修驗道)(일본 고래의 산악 신앙에 불교, 도교가 가미된 종교)가 융성한 지역으로, 특수한 기능을 가진 수험자가 모여 있었기 때문에 닌자의 마을이 될 수 있었다고도 한다. 일본 전역에 있었다는 수많은 닌자의 유파는, 전부 이가나 코가 둘 중 하나에서 파생되었다고도 한다. 이가 닌자는 금전에 의한 계약 관계 이상으로 깊이 파고들지 않는다. 고용주가 서로 적인 경우에도, 의뢰가 있으면 양쪽에 닌자를 파견했다. 그때문에 다른 마을 닌자보다도 ‘도망 닌자’에 대해 엄격하여, 배신이나 탈주는 인정하지 않았다. 한편 코가 닌자는 한 사람의 주군에 충성을 다 바친다는 점에서 이가와 다르다. 또한 약의 취급에 능하여, 약장수로 변장하여 전국에서 정보 수집을 했다고 한다. 그 영향으로 지금도 시가현 주변에는 제약회사가 많다.
