대표적인 닌자의 암호에는 쌀, 돌, 밧줄을 사용하는 것이 있다. 쌀을 다섯 색깔(파랑, 노랑, 빨강, 검정, 보라)로 물들여, 그 색깔의 조합과 배치로 100종류 이상의 암호를 만들었다고 한다. 염료로 물들인 쌀은 벌레나 새가 먹을 걱정도 없었다. 돌도 마찬가지로, 미리 정해둔 배치로 길가에 갖다놓으면 동료와의 연락 수단으로 쓸 수 있었다. 밧줄은 ‘밧줄 묶음’이라 하여 묶는 방법이나 묶여진 매듭의 수로 동료에게 장소나 행선지를 전달했다. 더 복잡하고 세세한 내용을 전달하려는 경우에는 ‘닌자 글자’나 ‘신대문자(神代文字)’라고 하여 닌자에게만 알 수 있는 문자를 사용하여 편지를 썼다.
닌자 글자：14개의 한자(목, 화, 토, 금, 수, 인, 신, 색, 청, 황, 적, 백, 흑, 자)를 어떤 방식으로 조합하여 만든 48문자. 신대문자：한자가 존재하기 이전에 일본에서 사용된 문자라고 하는데, 한자가 전달된 후에는 아무도 해독할 수 없게 되어버린 고대 문자.
귤을 짠 즙으로 종이에 글자를 쓰면, 마른 뒤에 글자가 사라져서 새하얀 종이가 되지만 숯불에 그을리면 다시 글자가 떠오르는 방법도 사용되었다.
